Depuis 2005, l’AFIPA est organisée en RESSORTS et applique le principe du pilotage par objectifs de l’association. Dans ce système, les responsables de RESSORTS ont des compétences stratégiques et opérationnelles. Chaque RESSORT est responsable de mener les négociations dans ses dossiers, conjointement avec les autres RESSORTS concernés. Il dispose de commissions permanentes ou ad hoc nommées par le comité, mais qui dépendent directement des RESSORTS.
Annuellement, le comité organise une séance de revue de direction. Ces séances spéciales d’une demi-journée permettent aux responsables de RESSORTS de faire le point sur l’état d’avancement de leurs objectifs et de fixer les priorités pour l’année en cours.
Le secrétariat général fonctionne comme support du comité et des commissions qui lui sont soumises, exerçant un rôle d’exécution, de coordination et d’état-major (préparation des dossiers et veille associative).